佐助的四人小隊正式組成，取名為「蛇」，佐助的最大目的是要殺死鼬，而這世界都將因“蛇”的出現而產生變動。 佐助豚 佐助奉命追擊我愛羅，一路上過關斬將，最終追上了後者。 佐助一再使出「千鳥」，並切斷了我愛羅用沙所凝成的一隻手臂。
中忍考試後期，佐助穿着一套黑色連體服飾，右腿纏繞白色繃帶，劉海變得更長。 佐助豚 住院期間佐助身穿深灰色短袖，有一段時間沒佩戴木葉護額。 終末之谷的戰鬥中，佐助的護額被鳴人劃出一條裂痕，並從前額滑落。 第四次忍界大戰中，佐助與穢土轉生後的鼬相遇並協力打敗藥師兜，因為鼬的話而思想產生波動，自此佐助的想法再次發生了變化。 為了進一步瞭解忍者、家族、哥哥的過去，佐助復活了大蛇丸，並與穢土轉生後的四位火影進行交談，在聽完他們的回答後決定繼承鼬的意志守護木葉，並希望成為火影改變木葉的政治體制。 每次打开新标签时都会获得宇智波鼬不同的高清壁纸。
佐助豚: 火影忍者之那个他
在鼬被族員懷疑殺死了宇智波止水（真相是止水的左眼被段藏奪走後，將其剩餘的右眼給予鼬，再從山崖跳下去自殺）之後不久的一天夜裡，佐助回到家中，發現所有的族員全都死了。 佐助通過鼬的萬花筒寫輪眼看到了鼬殺死雙親和全村人的過程，異常恐慌。 鼬放過了佐助，說他太弱了，不值得一殺（其實是鼬在保護佐助，不想讓佐助陷入宇智波與木葉的紛爭，而且自己對弟弟不忍心下手）。 鼬還慫恿佐助要想超過他，就必須通過對他的仇恨來獲得力量。 並告訴佐助，他有機會可以跟自己一樣得到萬花筒寫輪眼，只要像他一樣，殺死和自己最親密的朋友。
经历了灭族之夜后决心向鼬复仇，开始追求力量，有着即使踏入黑暗、出卖灵魂也要获得复仇力量的觉悟。 在见证鸣人的巨大成长和鼬再次出现的双重刺激下，最终佐助决定选择投靠大蛇丸来获得复仇的力量。 佐助豚 地面噴射出大量高密度查克拉，斑的身體因為吸收查克拉過量而不斷膨脹。 輝夜立即發動了“天之御中”，將第七班和帶土轉移到異空間，並聲稱要消滅眾人，回收所有的查克拉。
佐助豚: 火影忍者——佐助收刀姿势帅炸
来到波之国后，卡卡西指导了三人修行如何控制查克拉，由于小樱查克拉控制能力出众，很早就结束了修行，鸣人在从小樱那里了解了诀窍后，和佐助一同竞争，最后两人都能爬上树顶。 佐助豚 佐助等人前往大桥时遇到了卷土重来的再不斩，而佐助的对手则是再不斩的部下，拥有冰遁血继限界的白，经过修行的佐助跟上了白的速度令再不斩刮目相看，但白使出了魔镜冰晶令佐助陷入劣势，而匆忙赶来的鸣人一时鲁莽，也闯入了白的秘术中。 佐助豚 佐助豚 佐助十分独立，无论何时都遵从自己的内心，尽管佐助的人生不断的被他人利用和欺骗，但佐助始终保持着自我主见，不会让他人如意。
在聽了歷代火影解釋事情的始末後，決定不能讓鼬和村子化為烏有，接著隨歷代火影、大蛇丸及鷹小隊前往戰場。 355回中，佐助和鼬的對戰佐助佔上風，從鼬的背後刺了一劍。 385回中，似乎這又是鼬幻術所變化出的分身，佐助亦察覺這點，於是用千鳥流攻向身後的另一個宇智波鼬。 但從絕的口中得知，其實雙方一直是在進行幻術的攻防，而實際上卻未曾動身。 而鼬向佐助透露「宇智波一族」創始人宇智波斑還存在的「事實」（事實上是宇智波帶土冒充宇智波斑），他口中這位「亦師亦友的男人」與其一起消滅全族。 又道出萬花筒寫輪眼是有馴服九尾力量之能；只不過使用者要付出代價，因為到最後能力會被封印，並陷入失明的黑暗世界當中。
佐助豚: 轮回眼
迪达拉偶遇到了佐助，两人便展开了战斗，佐助的一次绕后攻击，让迪达拉向后甩出了一发炸弹，以来达到抵挡佐助的攻击，站在地面上的阿飞以为迪达拉和佐助同归于尽了。 佐助能控制千鸟的威力，可以让千鸟不在自己的身上集中一点攻击，而是慢慢地让雷属性伤害覆满全身，也就是说是比较强的内伤。 之后的剧情做出了解释，原来博人此时的意识已经被身体里的桃式占据，而桃式是鸣人和佐助的敌人，同时他十分忌惮佐助眼睛的力量，这才会偷袭佐助将他的眼睛刺瞎。 第二部劇情增加的武器，附加雷遁的草薙劍威力和鋒利度整個都加倍，和大蛇丸的不同，呈白色刀柄的刀（動畫為黑色）。 鷹小隊前往五影大會出發途中，遇上「曉」的宇智波帶土及絕，絕答應帶他們到大會目的地。 誰不知絕卻在大會上暴露佐助來襲的消息，雷影艾率眾前往攻擊佐助，決意為兄弟殺人蜂報仇。
- 轉眼間，黑衣神秘人（本名宇智波信，與子同名）和宇智波信兵團便向他們發動進攻。
- 他以迅雷不及掩耳之勢奪取了卡卡西的萬花筒寫輪眼，並將其放入自己的左眼處，接着斑發動神威進去異空間取回自己的另一隻輪迴眼。
- 终末之谷最后决战中失去了左臂，事后拒绝了木叶给自己准备的义肢移植，选择保持原样。
- 佐助之前已阅读过关于一族的石碑，了解到了万花筒写轮眼终有一天会失明的事实。
在第一场考试的笔试中，佐助发现自己一题也不会，理解了考官话语中的漏洞，察觉到了第一场考试的真正意图是考验忍者的观察能力和情报收集能力，佐助在利用写轮眼的能力，复制了一名知道全部答案的考生的动作来答题，最后成功通过考试。 看到二人再度聯手，輝夜也開始擔心起來，於是她發動了超重力空間，使出絕招“共殺灰骨”打算結束戰鬥。 帶土為保護二人而犧牲，但也為佐助的瞳力恢復爭取了寶貴的時間，同時激發了鳴人的鬥志，並且還在自己死後將查克拉附着於卡卡西身上，使其短時間內擁有萬花筒的能力。
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轮回眼的拥有者掌控阴阳，至少拥有六种查克拉性质的变化，具有超凡的能力，既可以是具有创世能力的创造之神，也可以是具有灭世能力的毁灭之神。 这是佐助通过移植哥哥鼬的万花筒写轮眼融合成的全新万花筒。 佐助在移植哥哥鼬的万花筒写轮眼后，开启了须佐能乎，并且继承了鼬的瞳力（左眼能够发动天照），永恒万花筒写轮眼持有者眼睛不会出现失明的副作用，同时也会减小对施术者身体造成的影响。 三大瞳术之一，宇智波一族特有的血继限界，具有观察、复制、催眠等强大的能力。 持有者具备超乎常人的洞察力，能观察查克拉流动，可以施加和看破幻术，复制体术和非血继限界忍术。
- 写轮眼进化的至高境界，通过至亲之人的死来刺激产生极大的负面情绪而开启。
- 佐助一再使出千鳥，並打斷我愛羅用沙所凝成的一隻手臂。
- 據大蛇丸與兜的描述，咒印的力量源於龍地洞，即為咒印力量屬於仙術查克拉。
- 再不斬被暫時擊退後，卡卡西決定通過爬樹教三人如何控制查克拉。
- 宇智波佐助「须佐能乎」的普攻非常灵活，连击输出时推荐在打完第三套普攻后使用二技能去衔接，增加连击的稳定性。
击败大蛇丸后佐助将被关押的拥有水化秘术的鬼灯水月释放了出来，并与水月来到波之国，让水月拿走了再不斩的斩首大刀作为武器。 随后两人又来到大蛇丸据点的南方秘所，说服了拥有感知和治愈能力，并且对佐助有恋慕之心的香燐入伙。 最后三人来到北秘所，希望找到咒印的源头重吾，由于重吾具有特殊体质和双重人格，平时个性温和，但一旦咒印暴走就会止不住杀意开始杀人，曾经只有君麻吕可以制止他，君麻吕死后他就将自己关进北秘所深处。 佐助见到了重吾并无伤制止了他，佐助成为了第二个能够制止他的人，重吾为了知道君麻吕不惜牺牲生命抓来的佐助究竟是个什么样的人而决定加入。 四人小队结成，佐助将小队起名为蛇小队，目的是要杀死鼬，整个世界都将因“蛇”的出现而发生变化。
佐助豚: 第一百三十二章 鞍马八云的画
現在他正準備從弟弟處得到他夢寐以求、永不墮入黑暗的眼睛。 他既不搭理漩渦鳴人的挑釁，對春野櫻的善意舉動也很冷淡。 當第七班開始旗木卡卡西的鈴鐺測試时，他從一開始就决定獨自對付卡卡西，根本没打算要兩個隊友幫忙。 在卡卡西毫不客氣地向他指出這一點後，佐助見識到要成為一個忍者，就必須和隊友合作。 於是他寧願不服從卡卡西的禁令，把自己的便當分给被處罰被綁在木樁上看別人吃午餐的鳴人吃，也因此成就了第一批通過卡卡西測試的下忍。
而在《火影忍者 疾风传》的后期，鸣人有着仙人模式、九尾模式等等外挂的时候，拥有轮回眼以及写轮眼的佐助仍然不逊色于鸣人，所以这两种眼睛无疑都是外挂一般的存在。 佐助豚 在斑發動無限月讀後，佐助使用須佐能乎與第七班逃過無限月讀。 期後和鳴人說他倆是人類最後的希望，而小櫻和卡卡西在鳴人身旁才順路救的，藉此希望鳴人别感情用事。 而後在與大筒木輝夜的戰鬥中，被輝夜強行拉至另一空間（沙漠），一度陷入無法離開的困境。