《君九齡》是劇情根據希行的同名小說改編，講述九齡為父報仇，濟世救人，從落魄公主到一代名醫涅槃重生的故事。 作者給女主最大的金手指是她有個穿越的師父，簡直無敵，可惜女主死前三年他為了採藥踩下崖死了，一個很不主角的死法。 女主當年因想治父親的疾病，抱著來京城的神醫不願走成功拜入門下，因公主去學醫不太光彩，所以皇室裏把這事沒有公報出來。 師父除了教女主醫外，還教了奇門異陣，還有棋藝和投筒，就是貴族子弟無聊的玩意，說要教女主射箭，卻一不小心跌死了，所以女主武力值不高。 清河伯接掌朱家軍之後，便開始着手撤防分兵分權，引起眾將士的質疑。 朱瓚推測北祁國內防備空虛，遂決定親自深入敵境，刺殺北祁皇帝。
- 正因朱瓚在北地生活多年，深知他們嚮往京城，卻永遠無法出現在京城，只能通過一張圖來堅定浴血殺敵的決心，讓所有人的守護有了意義。
- 九榕年龄虽小，可是为人深明大义，当即爽快答应。
- 原来是朱瓒为躲避武德司藏了起来，导致两人擦肩而过。
- 為能掩人耳目，楚九齡按照太醫說法，對外承認老鼠瘡的事實，假裝熬製相關補藥，實則將藥替換，且不允許有任何人靠近。
陸雲旗得知懷王所患之病並非老鼠瘡，前來質問九齡。 方承宇收到柳掌櫃的告狀信，得知了九齡在京城所做之事，本想着替她隱瞞，奈何方曹氏直接將信奪去。 周夫人得知九齡與王曹氏之間的事情，心中生疑，於是找九齡過府斷診。
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通過這件事情，楚九齡意識到自己得罪了京城裡的勢力，朱瓚認為此事與太醫院有關，多半是因她治好定遠侯的親眷，從而得罪了江太醫。 原本定下江友樹出診的朝臣，如今紛紛去找君九齡看病，張太醫和周太醫見狀，打算趁機懲治此女，讓她長個教訓。 君九齡 考慮到九齡醫館與先帝次女同名，於是決定透露給陸雲旗，相信以他的性子，不必太醫們出手，自會去找醫館的麻煩。
後來志宗被殺，其叔叔楚讓即位登基之後，楚九齡被許配給了陸雲旗。 父親死後經過調查楚九齡一直覺得父親死得蹊蹺，後為了報殺父之仇，楚九齡選擇行刺謀殺。 計劃失敗後楚九齡被師父換臉，以君蓁蓁面貌重生，開始了漫漫復仇路。 落難公主，為了保護自己的親弟弟和姐姐，才違心嫁給陸雲旗，然後行刺楚讓，替父報仇。
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現如今，只要方家肯識趣，不再就此發難，尚且可以留得幾日性命。 陳七在街邊遇到方錦繡，尤其聽到別人的討論內容，於是便過去跟她搭話，想盡辦法哄她開心。 縱然方錦繡全程冷臉相對，可是陳七毫不自知，跟在說個不停，甚至打算親自傳授她如何做糖人，便於方錦繡憑著技藝傍身，從而賺錢養活自己。 楚九齡一夜未歸，再加上新縣令態度散漫，方曹氏心急如焚，不得已親自前往縣衙，當場從枴杖裡拿出手諭，逼得縣令劉清下令派人繞城尋找，如此大張旗鼓，引得百姓爭相圍觀。 柳兒發現君九齡站在人群之中，大喜過望，怎料方曹氏既驚又怒，她思慮再三才冒著生命危險拿出手諭，哪曾想君九齡之所以一夜未歸的原因，竟是上山採藥。
三人前後腳進入驛站，楚九齡喬裝打雜之人，躲在門邊偷聽房間談話，繼而得知袁寶來澤州的真正計劃，是要對方家斬草除根。 此時李長宏及其家眷都已被抓入獄，遠在京城的楚讓收到消息，委派公公袁寶前去澤州滅口，以免李長宏再生事端。 待楚九齡等人回到澤州，顧不得與家人敘舊，立馬來到知府衙門訊問李長宏，怎料他和宋運平在同一時間遇害。 一邊是朱瓚在竹林裡舞劍發洩痛苦，一邊是方承宇大病初癒得以下地走路，兩個男人所面臨的境遇不同，可偏偏又因君蓁蓁而起。 楚九齡陪方承宇逛街，方承宇首次能自己走著逛街，興趣十足，還給方家眾人都買了禮物，而九齡也給方承宇準備了一雙新鞋作為禮物。 而後眾人回府，九齡見朱瓚對自己刻意疏遠，心下瞭然，於是皆以君蓁蓁的身份，勸說他盡早釋懷，徹底忘記楚九齡。
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由於方家對外公開皇商身份，袁寶無法再找機會下手，唯有決定先回京城稟明楚讓。 方承宇聽聞長姐錦繡自多日前被家人禁足，似乎精神狀態極差，於是勸說方曹氏既往不咎，而他則帶著禮物前去探望。 君九齡 方錦繡發現小弟恢復正常，自然是心生喜悅，也正因為方承宇的安慰，令她想通許多，決定離開方家重新開始生活。
切勿撰寫粗言穢語、毀謗、渲染色情暴力或人身攻擊的言論，敬請自律。 錦衣衞頭子，亦正亦邪，皇帝的忠實權臣，九齡生前的丈夫，深愛楚九齡，已經到了痴戀變態的地步。 太康三年冬，陽城北留鎮寧家來了一個上門認親的女孩子； 被拒婚之後，女孩子決定吊死在寧氏家門前以明志；當死了的女孩子再次睜開眼，很多人的命運就此翻天覆地。
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北祁將軍得悉皇帝遇刺身亡，不得不立馬班師回朝。 捷訊傳來，楚讓喜悦之後，卻又愁眉不展，因為守城功臣正是朱瓚等人。 朱瓚一直守在九齡牀邊，直到九齡醒來，這才放心離開，留給姐弟三人共處的機會。 粉飾太平之下，楚讓大張旗鼓地回京，宣成國公、清河伯、朱瓚與九齡等人進宮領賞。 寧叔父認為九齡與賢王的威望不夠，提議讓九榕站出來安撫民心。 九榕年齡雖小，可是為人深明大義，當即爽快答應。
楊竣茗柳掌櫃京城德盛昌掌櫃，收到方承宇及方祖母的要求，全力協助九齡在京城的任何需求。 徐瑤三皇子楚讓兒子，優柔寡斷，北祁軍隊攻城時和楚讓先行一步溜走。 姜峰袁寶宮中太監，楚讓的得力心腹，幫助楚讓鏟除異己，最後在大殿上看見楚讓被扳倒後，便丟下楚讓先行一步溜走。 換臉前的君九齡，出身高貴，為先皇志宗次女，生性善良，喜好醫術。
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待施針完成，朱瓚主動提及太炎三年北祁背信棄義的事情，猜測有人將贖金藏了起來，或許方家也會牽涉其中。 朱瓚躲在旁邊目睹全程，心中甚是滿意，卻也忍不住再次追問天女散花的事情。 楚九齡不肯承認身份，朱瓚無招，唯有通知她明日去賬房。
這種離奇的故事內容，當然無法出現在電視劇作品當中。 我們當下的電視劇創作原則便是，不設計那些起死復生的內容，不給封建迷信以電視劇的生存土壤。 因此，在電視劇版本的《君九齡》當中，將是另外的故事了。
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危急時刻，朱瓚施展輕功狂奔而來，將九齡護在懷裏，成功避開危險。 改來改去，刪去了最重要的復仇，留下了無關緊要的感情。 《君九齡》這部劇越到後面越弱，一個最重要的原因就是重感情輕復仇。 雖然這部劇是由女頻小說改編而成的，但是改編成劇，真的可以適當刪減感情戲。 摘要彭小苒，金瀚主演的古裝復仇大劇，總算臨近結局了。
北祁军大乱，成国公瞅准时机，率领部众成功突围易州。 宁云钊高中状元骑马游街，百姓夹道欢迎，九龄也前来捧场。 陆云旗对九龄的执念有增无减，甚至产生了得不到便要毁掉的想法，并以各种罪由将九龄看诊过的官员抓走。 万家遗孤扮做卖花女，刺杀黄丞相之子黄子清，一刀刺进对方胸膛。
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九齡看到蘇姨娘拎著食盒去找方承宇，感到奇怪，於是便向方曹氏詳細匯報。 方曹氏深知人心叵測，答應會派心腹盯著對方的動向。 九齡懇請方曹氏為她和方承宇指婚，對外宣布成親沖喜，如此便可掩人耳目，好幫助方承宇沐浴排毒。
那些還在苦撐期盼希望的病人們，已然產生恐慌，就連之前的母女倆也逐漸失去信心。 君九齡 待計謀成功，寧雲釗親自送朱瓚出城，並且叮囑他務必照顧好君九齡。 此時別院之內，患民眾多，楚九齡和大夫們忙得不可開交，怎料祛毒湯只能緩解病情，對於診治痘瘡根本不見成效。 礙於以往的交情，馮大夫不忍君九齡前去送死，建議她應該隱瞞情況，可是楚九齡不願騙人，沒有聽從對方的建議。 至少在她看來，即便痘瘡之毒殺人無數，理應擔負起作為大夫的責任，然而大夫與患民同樣是條人命，沒有輕重之分，不該強求。 寧叔父建議盡快尋找廣闊場所，妥善安置患民，繼而交由太醫署進行幾種治療。
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蘇姨娘佯裝並不在意此事，直至方錦繡離開，才讓木槿快去通報宋運平，這一幕皆被方曹氏和劉氏看在眼裡。 其實早在楚九齡離開之前，便已做好萬全之策，先設圈套後放餌，待魚上鉤則一網打盡。 宋運平收到消息後，又讓手下確認劉氏是否去過城東，繼而信以為真，決定殺人滅口。 此時楚九齡在懸崖處發現一株紫英仙，礙於距離太大，實在是夠不到，於是扯起一根籐條順著往下爬。 儘管楚九齡成功將其採摘，可是籐條經不住她多次甩磨，最終崩裂斷開，來不及反應便已墜崖。 大家原地休息之時，方承宇發現楚九齡不在，於是向柳兒打聽，得知楚九齡獨自跑到山上採藥。
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楚九齡以一招「天女散花」，將所有箭羽都投進壺中，不僅是看呆了在場眾人。 因為此招乃是九齡公主自創，不可能會有旁人習得，這般精準熟練的動作，足以證明她的真實身份。 柳兒心生鬱悶，反倒是楚九齡料想陳七身後定有高人指點，於是詢問看燈人雷師傅可曾在察覺到異樣。 雷師傅回想上元節當晚，似乎見到陳七將銀票給了兩名男子，穿著打扮不像普通百姓。
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楚九齡不欲與他多言，簡單應付後離開，此時江友樹確認楚九榕徹底恢復，當即提出由太醫院接手。 楚九齡擔心弟弟身體再次被太醫耽擱，故意警告江友樹，令他不敢妄動手腳。 君九齡 如今楚九齡入府診治已有數日，陸雲旗見懷王並無大礙，便前去王府催九黎公主回家。