首先，院方為李進行無線射頻熱療法和電學診斷檢查時，未有採取合適和安全措施，同時也沒有依足正常程序，為李施行心包穿刺術。 2018年1月29日, 一名入男病人本月十日照胃鏡檢查期間靜脈破裂大量出血，威院資深腸胃外科醫生為病人置入食道球緊急止血時，竟插錯入氣管並充氣。 涉事醫生無即時察覺，直至個多小時後由深切治療部醫生發現。 病人氣管有十厘米傷口，當中四厘米「穿窿」，至今仍未能修補。 2016年10月，一名產婦在沙田威爾斯親王醫院待產，陣痛約13小時後，出現劇痛，一度頭暈及抽筋。
其母陳太指她懷孕21周時曾於威爾斯親王醫院做結構性超聲波檢查，負責檢查的內地交流醫生指嬰兒「一切正常」，陳太質疑醫生疏忽誤判，導致產檢出錯。 陳太指她懷孕21周時於威院做結構性超聲波檢查，由醫生負責，指胎兒正常，不料女兒出生後證實患先天多發性關節攣縮症、耳積水及裂顎，動過六次手術，一直留院。 2011年12月9日，一名末期肝癌男病人凌晨入院，苦候半日仍未獲安排上病房，因病情惡化，最終於人來人往、環境擠迫的急症室等候區病逝。
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術後醫生評估周的氣道空間足夠，可自行呼吸，術後一小時拔除氣喉。 不過，周在拔喉後即出現發紺徵狀及血含氧量下降，更一度心臟停頓，醫生搶救三分鐘後才恢復心跳，並送往深切治療部。 擴建工程將直昇機停機坪及網球場拆卸，原址興建一座樓高13層的新住院主樓及創傷中心，建築面積為75,000平方米，設於2樓的行人天橋連接醫院正座，而正門面向巴士總站。 大樓設有800張病床提供內科及外科住院服務，尚有24小時服務急症室服務及觀察病房、16個手術室及日間小手術服務、放射診斷影像科、24小時化驗室及血庫、藥房及入院登記處等。
2010年5月，案件於死因庭聆訊，涉案打錯針的梁錦雪醫生於死因庭哭著向死者的父母致歉。 梁錦雪醫生供稱沒有留意裝有長春新鹼針筒上的標籤註明僅供靜脈注射，也不知道此藥經脊髓注射會致命。 2010年5月14日，死因庭裁定呂巧琳，在威爾斯醫院接受化療注射打錯針，是死於不幸。 裁判官說，呂巧琳的死因很清晰，是醫生及護士無看清楚藥物注射方法，將原應注入靜脈的藥，錯誤注入脊髓。
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2021年3月22日，《蘋果日報》一名69歲男病人2020年10月23日在急症室獲分流為「次緊急」級別，不過候診約1小時後家人發現他面色轉黑，一度停止呼吸，醫護人員搶救後才發現腦部已嚴重出血，腦科醫生表示無法救治，數小時後不幸逝世。 社區組織協會幹事彭鴻昌認為院方分流不準確，若事主能夠獲分流高一級的「緊急」級別，有望於30分鐘內得到診治。 2019年1月19日，甫出生便確診患「腸扭結」的一歲半邱浚恒，經歷多次手術、最後切除全部小腸及大部份大腸。 浚恒父母一直質疑院方出錯，前年除夕到禮賓府向特首林鄭月娥請願，事後醫管局責成公眾投訴委員會跟進事件。
女童母親黃女士指，院方承認女童的脾臟腫脹有問題，惟未知問題所在，她引述醫生指凱晴有中度貧血，處方鐵水，但一個月後，醫生指情況沒有變化需停服，但也尚答不到病因為何。 直到3月12日，女童在外公家中吐出一個階磚大小的血及血塊，即時送往威院求醫，獲醫生告知凱晴只是患上腸胃炎，因嘔吐致食道受損而吐血，3天後安排她出院。 但女童同月27日因氣促及臉色發紫而送院，搶救個多小時後死亡。 後來男病人開始意識不清，不久臉色發紫，陪伴在旁的葉先生緊張得大叫護士，但未獲理會，直至父親完全失去反應，才有護士前來輕拍病人，見沒有反應始通知醫生將病人推入急救室。 搶救五分鐘後，醫生告知家屬病人曾一度停止呼吸，且因為腦出血過多，腦幹已經死亡，最終病重去世。 2018年10月10日，一名四十三歲男病人去年除夕因牙痛及下頜腫脹到沙田威爾斯親王醫院求醫，診斷有牙原性感染及蜂窩組織炎，拔除智慧齒及放膿後離院，惟相隔半日病情即急速惡化，再求診時證實患「口腔底蜂窩組織炎」，需即時在咽喉開刀放膿。
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2011年5月26日，中文大學眼科及視覺科學系一名助理教授在4月24日復活節假期凌晨，為一名年輕女病人進行緊急眼角膜移植手術，但他帶同女友入手術室觀看手術；該女子是中大醫學院碩士研究生，並非威院的醫護人員。 2007年2月，兩名放射治療師，為一名58歲患上肺癌的男子進行放射治療時，涉嫌違反指引，其中一人沒有做好監察工作，結果治療中心點偏差4厘米，病人原本健康的右肺受到放射治療。 由於新住院主樓及創傷中心內病房將以A、B、C為識別，為免與正座大樓病房名稱造成混淆，院方安排正座大樓病房更改名稱，A、B、C及D座病房於2010年1月2日起改稱為H、K、L 及M座，8A病房改名為8H病房。 第二期重建計劃包括在2018年至19年分階段拆卸4座職員宿舍（A、C、D、E座），用作興建一座新住院大樓，現時位於舊大樓的兒科、婦產科及腫瘤科將率先遷入，新大樓落成後將可提供額外約450張病牀及16間手術室。 重建計劃在2018年9月開始，預計第一階段工程將於2027年完成。 威爾斯親王醫院於1970年代規劃，在1978年10月動工，1982年11月1日由根德公爵夫人嘉芙蓮主持醫院揭幕典禮，同年成立全港第4間公立醫院註冊護士學校。
2010年10月，樓高12層的擴建大樓「住院主樓暨創傷中心」啟用，總樓面建築面積達71,500平方米。 2011年11月28日，一名30多歲婦人，於半年前在威院進行剖腹生產手術，期間膀胱被意外割破，使她半年來長期漏尿失禁，影響生活。
包玉剛爵士癌症中心: 醫院歷史
醫院的內科、外科及深切治療部等於2010年10月11日起分階段遷至新大樓，而大樓內的急症室於2010年10月28日上午8時起正式啟用。 2009年8月，一名男病人因連續多日高燒、胸肺疼痛，在家中三度暈倒，晚上由女友陪同下到威爾斯親王醫院求診，醫生替他「聽肺」後認為沒雜音，診斷是上呼吸道感染，僅處方藥物給他離開，沒有做X光檢查。 翌日（廿三日）早上八時再度入院，經過分流程序，約三個小時後才做X光檢查，證實是肺炎，直至傍晚六時，院方才注射抗生素，惟四十五分鐘後其病情急轉直下，神志迷糊、血壓急降、心臟更一度停頓近十分鐘，轉送深切治療部搶救。 2021年10月10日，1名13歲女童早上因低燒及感到氣促，到威院急症室求診。 包玉剛爵士癌症中心 醫生為病人檢查，病人當時維生指數正常，沒有發燒，病人獲處方藥物後出院。
2012年9月14日，中文大學醫學院宣布與美國貝勒醫學院簽署合作備忘錄，為中大教授提供臨床遺傳病學培訓，并將在威爾斯親王醫院推出全港首個一站式遺傳病門診服務。 2012年7月23日, 一名在七月廿三日分娩產婦，前日向醫院投訴，其會陰傷口由該院一名駐院年輕醫生縫合，紗布已由私家醫生取出。 2012年6月7日, 一名六月七日分娩的產婦，出院後返回內地，之後發現分泌異常，在內地醫院求診及取出紗布，七月廿日通知威院。 威爾斯親王醫院第一期擴建計劃於2006年7月獲立法會財務委員會正式提升為甲等工程項目及批准撥款，撥款數目為18億8210萬港元，其中大約16億元為建築費用，餘額用作儀器及家具設施預算。 「新昌有利聯營」獲聘為承建商，工程採用鑽樁技術，避免引起巨大聲浪及影響環境。
包玉剛爵士癌症中心: 住院病房
2017年12月，一名四十三歲男病人因牙痛及下頜腫脹到沙田威爾斯親王醫院求醫，診斷有牙原性感染及蜂窩組織炎，拔除智慧齒及放膿後離院，惟相隔半日病情即急速惡化，再求診時證實患「口腔底蜂窩組織炎」，需即時在咽喉開刀放膿。 惟周半日後病情惡化，出現頸痛、氣促及發燒，同日再到威院急症室求醫。 第二度求診時發現他的下頜下嚴重腫脹，診斷出「口腔底蜂窩組織炎」，耳鼻喉科醫生下午為他進行「咽喉切開引流兩邊下頜下膿液手術」。
威院護理員替文旭培理髮時，赫然發現其頭蓋有一個長達四至六厘米、已結痂呈「Ｌ」形的傷口。 文太表示，丈夫出事前頭部並無受傷，入院時救護員與急症室人員亦無發現此傷口，故質疑傷口是院方疏忽造成，且是導致文重傷及失明的主要原因。 包玉剛爵士癌症中心 不過，多月來院方對該神秘傷口一直避而不談，甚至指傷口是病人自己造成的。 2005年8月，一名電器技工，因心律不正，到威爾斯親王醫院進行手術，疑因醫療疏忽，無法診斷出其心室壁有孔，及時進行治療，使他仍然昏迷，還有慢性腦缺血的危機。
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浚恒一家人昨午到醫管局大樓聽取調查報告結果，會後浚恒父親斥報告偏頗，指已提交拍攝的影片作新證據供專家檢視。 前年6月甫出生便因發燒及肺炎留醫威爾斯親王醫院，其間兩度嘔吐及腹脹，醫生開刀後發現浚恒腸道旋轉不良及小腸扭結，需施手術扭正小腸；但後來浚恒被發現腸扭結令腸臟壞死，最終全部小腸及大部份大腸遭切除，需注射營養液維持生命。 浚恒父母質疑院方延誤發現兒子有腸扭結及進行電腦掃描，令其病情惡化，過去一年半四處奔走尋求真相，前年除夕向林鄭請願後醫管局責成公眾投訴委員會跟進事件。
- 「新昌有利聯營」獲聘為承建商，工程採用鑽樁技術，避免引起巨大聲浪及影響環境。
- 2007年2月，兩名放射治療師，為一名58歲患上肺癌的男子進行放射治療時，涉嫌違反指引，其中一人沒有做好監察工作，結果治療中心點偏差4厘米，病人原本健康的右肺受到放射治療。
- 專家報告曾指，申請人下體只是受輕傷，應採用保守及觀察治療，事實上沒必要進行手術，而手術後的護理情況低於標準水平。
- 2012年6月1日, 一名六月一日分娩的產婦，出院後發現分泌異常，七月廿六日到母嬰健康院檢查，轉介威院跟進，揭發有醫生在分娩過程中遺留紗布。
的兩歲女童施手術切除腫瘤，被輸入一包被螢光假單胞菌污染的血包。 女童輸血後出現發燒、血壓低、心跳過快及皮膚出紅疹等反應。 2011年9月6日，一名21歲男子當年在醫院出生後，被誤診為「大血管移位」，於出生後三日進行手術，拉闊他心臟間隔上的卵圓孔，開出一個九毫米的孔；但是在3個月後，醫院承認斷錯症，有關手術根本不必要進行，而當時醫生未有縫合缺孔。
包玉剛爵士癌症中心: 服務範圍
醫院於1984年4月30日正式啟用，到6月1日李嘉誠專科診所開幕，同年9月急症室正式啟用。 ），簡稱威院，是一所位於香港新界沙田區沙田圓洲角提供第三層醫護服務的大型公立全科醫院，亦是香港兩所教學醫院之一，為香港中文大學醫學院的教學醫院。 2012年6月1日, 包玉剛爵士癌症中心 一名六月一日分娩的產婦，出院後發現分泌異常，七月廿六日到母嬰健康院檢查，轉介威院跟進，揭發有醫生在分娩過程中遺留紗布。
至10月11日下午該女童於家中失去意識，被送到威院急症室。 兒科及深切治療部醫生於急症室為病人會診及參與搶救，惟病人最終於下午4時03分離世。 離世前曾往威爾斯親王醫院求醫，惟院方沒有將有關個案提交衞生署，家屬投訴院方沒有將有關個案呈報衞生署，質疑有關做法涉及隱瞞，威院因應家屬投訴，事隔近1個月始於昨日(3日)向衞生署呈報。 2020年10月，一名69歲男病人因嘔吐送院，出現出現頭暈、頭痛等，送往威爾斯親王醫院。 在一小時後，胞弟發現死者的面色轉黑，似是沒有呼吸，故立即通知醫護搶救。
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當值醫生巡房時發現病人藥紙上，除慣常服用藥物及利尿劑外，還有另外五種不屬病人慣常使用的藥物，並已服用一劑。 病人其後血壓下降，處方升壓劑並轉送到深切治療部後但情況未改善，三天後病人慢性腎衰竭急劇惡化離世。 2008年5月，一名威爾斯親王醫院的護士誤將病人甲的藥物處方記錄存放至病人乙的醫療記錄內。 沙田醫院的醫生為病人乙診斷及參考其在威爾斯親王醫院的治療記錄後為他處方藥物。 由於當時醫生並無察覺病人乙的醫療記錄內錯誤夾附了病人甲的藥物處方記錄，故錯誤根據該記錄處方一項病人乙本來無須服用的藥物（低劑量的降血壓藥物 Lisinopril )予病人乙。 2009年2月7日, 一名病人在馬鞍山家中感到暈眩，由太太召救護車送入威院急症室。
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救護員及急症室當值醫生先後檢查亦證實只是血糖過低，但為安全計決定留院觀察，文太亦陪伴至清晨才離開。 同日下午文太突然接威院來電，指丈夫情況急轉直下，且心臟曾經停頓，有性命危險。 包玉剛爵士癌症中心 經搶救近一星期後文旭培終甦醒，但眼部完全失明，其後更出現失禁及行動不便等後遺症，與入院前判若兩人。
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事主其後須依靠機器呼吸，惟腦掃描顯示其腦部嚴重出血，醫生亦稱無法以手術救治，延至凌晨3時48分宣告死亡。 病人曾因缺血性中風入院，故須每日服用薄血藥華法林 ，病人在分流站的紀錄顯示，護士有寫下事主的病歷，卻沒有列明病人有服用薄血藥的習慣，而醫生的診症紀錄卻有清楚寫下服用華法林的字眼。 另在候診區約一小時的過程中，亦沒有醫護巡視過病人的情況，直至其胞弟發現病人情況轉危才獲安排急救。 2016年3月，女童去年11月不時全身乏力，更曾於街上暈倒。 她其後於威院先後接受血科、兒科、新陳代謝科及外科檢查，卻未確診病因。 家屬批評，女童的覆診時間卻由1周1次減至2周1次，再減至1月1次。
孕婦由威院轉至沙田醫院，至今如植物人般，只懂得張開眼，對外界毫無反應，以鼻胃管餵食，嬰兒仍在威院初生嬰兒深切治療部留醫，使用呼吸機，醫生預告BB可能無活動能力。 2012年6月2日, 威院接獲一名在六月二日分娩的產婦通知，指月初在私家醫院檢查時發現產道留有紗布，並已取出，院方安排產婦接受檢查，發現她們傷口愈合正常，又為她們抽取陰道樣本檢驗，並為她們處方抗生素，均毋須留院。 2011年8月26日，一名老婦入住內科隔離病房，家人質疑醫護人員未及時察覺其病情惡化，入院兩日後逝世。
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其後院方重開8A病房，不單令疫症在醫院中廣泛蔓延，而該名26歲的男病人出院後更把病毒傳入社區，尤其帶到了淘大花園，引致社區大爆發，釀成巨災。 2020年12月18日，一名63歲男病人12月16日下午因左手被電鋸鋸傷被送到急症室。 包玉剛爵士癌症中心 病人當時左手五指嚴重受創，其食指被完全切斷，中指及無名指血管及神經亦被切斷，需進行緊急手術，接駁斷指及修復受傷血管和組織。 病人於晚上約6時半被送入手術室，其斷指以無菌外科手套包裹並放置於存有冰水的膠盒內，膠盒外貼上病人資料及斷指標示以作識別。 至晚上約10時半，手術室護士交更期間發現膠盒內並無斷指，即時在院內進行搜索，至凌晨1時30分於手術室棄置物品中尋回斷指，斷指當時被原有的外科手套包裹。 2007年6月15日，21歲血癌女病人呂巧琳，在威爾斯親王醫院接受化療注射，女醫生梁錦雪錯誤將只可作靜脈注射的針藥長春新鹼（Vincristine）打入脊髓，導致呂巧琳昏迷，22日後不治去世。
2012年2月2日，九磅重男嬰疑因在出生過程中被產鉗強行抽出，出生後發現顱內有出血情況及腦膜炎徵狀，導致嬰兒需在兒科深切治療部留醫。 李嘉誠專科診療所（北翼）附設於威爾斯親王醫院南端，樓高4層，於1984年5月隨著醫院落成正式啟用，內設49間各類全面性專科檢查及診症室。 而南翼則在1995年2月開始興建，於1997年6月竣工，同年8月開放啟用，南翼包括地下共5層，總面積7,930平方米，設有70間診症室，裝置先進儀器設備。
2016年3月10日，一名孕婦疑因血壓高，由母嬰健康院轉介至威院李嘉誠婦產科專科門診，覆檢後血壓正常。 三月九日再覆診，一度量得血壓高，再量又回復正常，何太在家量血壓亦屬正常水平，院方認為無迹象顯示屬妊娠毒血症或其他併發症，着她繼續在家定期量血壓，翌日晚飯後，突然面色發紫，身體不斷抽搐，立即報警送院搶救。 院方一系列檢驗結果排除何太患妊娠毒血症或羊水入血，僅稱她有「不可預測的突發心室顫動及胎盤剝離」。
由吳光正伉儷捐款興建的包玉剛爵士癌症中心及包黃秀英女士兒童癌症中心於1994年11月正式啟用，中心樓高7層，其中一層闢作兒童骨髓移植中心，集合診斷、住院及門診治療、手術、病人輔導及教育、教學及研究於同一中心。 1994年11月，吳光正伉儷慷慨捐款興建的「包玉剛爵士癌症中心暨包黃秀英女士兒童癌症中心」，由時任英國王儲威爾斯親王查理斯揭幕，為病人提供最先進的癌症治療服務，推動癌症研究和教育工作。 部門設有三間住院病房、專科門診診所、日間癌症治療中心、小型手術及內窺鏡室，並配備高科技儀器，包括五台直線加速器、近距離放射治療機組、淺層X光治療機組、放射治療及電腦掃描模擬器，提供三維順形、強度調控、影像導航，及立體定向放射治療。 部門的跨專業團隊由內科腫瘤科醫生、血液腫瘤科醫生、臨床腫瘤科醫生、紓緩醫學科醫生、護士、放射治療師、製模實驗室及工場技師、X光技術員及醫學物理學家組成，致力為癌症病人提供優質住院及門診服務，包括積極治療、紓緩治療、社會心理支援及寧養。
產婦丈夫多次要求安排太太立即入產房進行無痛分娩，或轉院分娩，都遭拒絕。 嬰兒最終被發現無心跳，院方才緊急安排入產房，用產鉗輔助胎兒出生。 2003年2月24日，一名26歲香港居民到京華國際酒店訪友後出現發燒症狀，在2月28日到威爾斯親王醫院急症室求診，被診斷為呼吸道感染後出院返家。 包玉剛爵士癌症中心 包玉剛爵士癌症中心 此病人實為非典型肺炎（SARS）帶菌者，引致病房中多人被感染。