但是，由於保守勢力的反對，京師大學堂歷時兩年未能開學。 在此期間，孫家鼐任禮部尚書，旋遷吏部尚書。 至光緒二十四年兼任大學士，並受命加速開辦大學堂。 孫家鼐 在光緒二十四年六月至九月的“百日維新”時期，設立大學堂是新政的一項重要內容。
以康梁為首的維新派代表着民族資產階級上層和開明士紳的政治要求走上歷史舞台，得到以翁同龢為首的帝黨官僚的支持，皇帝開始實行維新。 當時的士大夫認為，救國之本在於徹底改學，也就是徹底改變學習的系統和培育人才的方法。 如梁啓超所説“變法之本，在育人才；人才之興，在開學校”。 孫家鼐也提出“國家要富強，民族要興旺，首先要開辦學堂”的主張，贊同維新派“開民智、通下情”的政治主張，並參與康有為創立的強學會的活動。
孫家鼐: 孫家鼐
計劃京師大學堂設10 門主科、10 門附科，要求：“總古今，包中外，該體用，貫精粗……”。 並主張興辦醫學堂、武備學堂、速成學堂，大聲疾呼各省要多辦中、小學堂。 嗣後，還令其子孫先後在故鄉壽州辦了很多學堂。 康、梁變法失敗後，六君子受戮，慈禧太后“廢帝立儲”，他力諫不可，意見未被採納，藉口養病請退以示抗議。 八國聯軍侵入北京後，他奉慈禧命至西安任禮部尚書。 還京後，拜體仁閣大學士，歷轉東閣、文淵閣、晉升武英殿充學務大臣。
他與馬吉森合股在河南安陽創辦廣益紗廠。 令其侄孫孫多森在上海創辦阜豐麪粉廠、中孚銀行，並投資興辦啓新水泥公司、北京自來水廠、井陘礦務局、灤州官礦公司等。 二十四年，慈禧與榮祿發動戊戌政變，廢除新政，罷免翁同龢，囚禁光緒帝，殺“戊戌六君子”。 孫家鼐變法立場較温和，遂未被追究。 二十四年，慈禧發動戊戌政變，停止新政，囚禁光緒帝，殺「戊戌六君子」。 孫家鼐變法立場較溫和，遂未被追究。
孫家鼐: 孫家鼐史籍記載
宣統元年（1909 孫家鼐 年）孫家鼐再疏乞病，不久去世，終年83歲。 翌年，家人扶柩回籍，葬於壽縣城南九龍鄉柳樹圩附近。 孫家鼐（nài）（1827年－1909年），字燮臣，號容卿、蟄生，別號澹靜老人，安徽省鳳陽府壽州（今淮南市壽縣）人，晚清狀元、政治家。
- 接着命在北京建立一所大學堂，委派孫家鼐籌建，併兼任管學大臣。
- 光緒二十年（1894年），孫家鼐反對為朝鮮的宗主權與日本開戰，力言「釁不可啟」，主張妥協，與李鴻章的見解不謀而合。
- 議改官制，命與慶親王奕劻、軍機大臣瞿鴻禨總司核定。
- 二十六年，乘舆西狩，召赴行在，起礼部尚书。
- 孫家鼐提出“以中學為主，西學為輔；中學為體，西學為用”的主張。
恰恰相反，1898年9月26日上諭及同年11月16 孫家鼐 日懿旨一再要求對學生進行這方面的教學。 由此可見，大學堂開學後遲遲沒有開始科學一事，真正的責任者並不是孫家鼐。 問題出在負責招聘各課老師的“西學總教習”丁韙良（W.A.P.Martin）身上。 此人辦事懶散，漫不經心，在任同文館總教習時，他對開設科學課程，就有過這種表現。
孫家鼐: 孫家鼐人物生平
此外，在1898年9月9日的奏摺裏，孫家鼐要求在京師大學堂開設中西醫學專業，條陳立即得到皇帝的贊同。 孫家鼐又於9月14日上呈一份章程， 規定學生兼學中西醫學，大學堂開設一家醫院，供學生日常實習之用。 拔一卷廁二甲，同列意不可，即屏退之，其讓不喜競類此。 光緒三十二年（1906）清廷宣佈立憲，設立資政院，孫家鼐出任總裁，召諸臣輪班進講，親撰尚書、四子書講義以進。
尋卒，年八十有二，贈太傅，諡文正。 戊戌政變後，大學堂雖蒙朝旨准予保留，但開辦條例已與原方案相去甚遠。 大學堂於1898年12月31日開學,科學課程竟一門未開。
孫家鼐: 孫家鼐人物事蹟
後授修撰，歷侍讀，入直上書房，欽賜擴建故居，懸“狀元及第”匾。 因久居京都，後又在北京廉子衚衕另建府第。 二十年，中日事起，朝议主战，家鼐力言衅不可启。 二十四年，以吏部尚书协办大学士。
累遷內閣學士，歷任工部侍郎，署工部，禮部、户部、吏部、刑部尚書。 1898年7月3日以吏部尚書、協辦大學士受命為京師大學堂（今北京大學）首任管理學務大臣，1900年後任文淵閣大學士、學務大臣等。 光緒二十年（1894年），孫家鼐反對為朝鮮的宗主權與日本開戰，力言「釁不可啟」，主張妥協，與李鴻章的見解不謀而合。 在維新變法問題上，孫家鼐和翁同龢、李鴻章都能影響光緒皇帝，但孫家鼐有別於翁、李，也有別於康梁等維新派。 孫家鼐 在光緒籌劃變法過程中，身居高位忝列“帝黨”的孫家鼐，深知國家落後捱打的根本原因在於清王朝政治上的腐朽和經濟上的衰敗。
孫家鼐: 孫家鼐
光緒二十二年（公元1896年）初，光緒皇帝命孫家鼐籌建政府出版機構──京師官書局，它包括一個圖書館、一個印刷廠以及一所學堂。 接着命在北京建立一所大學堂，委派孫家鼐籌建，併兼任管學大臣。 光緒二十六年（1900年），義和團運動爆發，帝后西行陝西，孫家鼐被啓用為禮部尚書。 還京後，任體仁閣大學士，歷轉東閣、文淵閣、武英殿大學士，充學務大臣，注重實學，並與張百熙等制定《奏定學堂章程》，開展教育改革。 後與慶親王奕劻、軍機大臣瞿鴻禨總責核定改革官制。
因此，1902年1月10日，清政府下令恢復京師大學堂， 並任命張百熙為管學大臣時，後者的第一個舉動就是把丁韙良及以往聘用的所有外國教習統統免職。 一開始張百熙也遇到各種保守勢力的刁難。 為取悦對方，他聘請吳汝綸為學堂總教習。 光緒二十九年，旗人榮慶受命協助張百熙督辦學堂，但是二人在很多方面意見相左。 因此，光緒三十年年初，命孫家鼐與張、榮共同整頓學堂教育。 然而，孫家鼐此時已年近八旬，學堂的大部分規章實際上是由張百熙制訂。
孫家鼐: 孫家鼐人物事蹟
隨着張百熙制訂了教學大綱，科學教學在大學堂真正發展起來。 二十年，中日事起，朝議主戰，家鼐力言釁不可啓。 二十四年，以吏部尚書協辦大學士。 時方議變法，廢科舉，興學校，設報編書，皆特交核覆，家鼐一裁以正。
指出：“今日時勢，譬如人患痿痹而又虛弱”，要對症下藥，不可病急亂投醫。 孫家鼐 他説：“變法宜民出於公論，庶幾人情大順，下令如流水之源也。 ”不過，孫家鼐寄希望於“君臣同心”，只要符合大多數官僚的利益，變法維新就可以暢通無阻了，這顯然是把變法維新看得過於簡單了。 1900年（光緒二十七年），八國聯軍入京，慈禧太后西遷，孫家鼐奉詔至西安復任禮部尚書。 1902年初，返京後，官拜體仁閣大學士，後轉東閣、文淵閣大學士，晉升為武英殿大學士，充學務大臣。